Créer dans le dossier: /.local/share/nautilus/scripts un fichier nomdevotrescript.sh (un fichier texte simplement) avec dedans:
#!/bin/bash
gksudo nautilus

Enregistrer, et le rendre exécutable

Pour mettre le nom des fichiers et dossier en rouge quand Nautilus est root, j'ai copier le thème que j'utilise qui se trouve dans /usr/share/themes dans /root/.local/share/theme et dans ce dernier j'ai modifié le fichier gtk.css en changeant la valeur @define-color foreground #f00;, ici rouge. Il se trouve dans le dossier de votre theme dans gtk-3.0

Un petit alt+F2, commande r pour rafraîchir gnome si nécessaire ou passer par gnome tweak tool.

Maintenant en faisant un clic droit sur un fichier dans Nautilus, il y un menu script qui contient nomdevotrescript, qui demande le mot de passe root et qui lance un autre Nautilus en root avec le texte rouge.
C'est plus pratique que de lancer un terminal et un sudo nautilus